Silným deštěm poznamenaný závod v Malajsii překvapivě vyhrál Alonso před Pérezem

Ještě před startem byl závod vyhlášen za mokrý, odpadla tedy jak povinnost použít obě směsi pneumatik (střední a tvrdou), tak i povinnost startovat na pneumatikách použitých ve třetí části kvalifikace. Všichni jezdci tudíž do prvního kola nastoupili na pneumatikách přechodných.

Po startu si Hamilton kvalifikací vybojované první místo dokázal pohlídat. Schumacher naopak o třetí místo okamžitě přišel, když ho předjeli Romain Grosjean a poté i Mark Webber. Ještě během prvního kola došlo ke kontaktu mezi Schumacherem a Grosjeanem.  Němec se dostal do hodin a propadl se až na šestnácté místo. Grosjean svou nově získanou pozici také nedokázal udržet.

Ve druhém kole déšť ještě zesílil, takže jezdci začali zvažovat přezutí na mokré pneumatiky. Jako první se k tomu odhodlal Sergio Pérez. Ve čtvrtém kole vyjel mimo trať Romain Grosjean, zahrabal se do kačírku a ze závodu tak musel odstoupit. V tomtéž kole pak začali na mokré pneumatiky přecházet i jezdci z předních příček.

V šestém kole déšť ještě zesílil a poslední úsek trati se tak stal velmi nebezpečným. Na scéně se tedy objevil safety car. Vozy se za něj seřadily v aktuálním pořadí – Hamilton, Button, Pérez, Webber, Alonso, Vettel, Vergne (zatím nepřezouval), Massa, Rosberg, Kartykejan (zatím nepřezouval). Pouze tři jezdci do té doby nepřezuli na pneumatiky do mokra, a to Vergne, de la Rosa a Kartykejan.

V devátém kole déšť dosáhl takové intenzity, že byl závod na více než padesát minut přerušen. Těsně před zrušením červených vlajek porušilo HRT pravidla, neboť mechanici stáli u vozu ještě v době, kdy už to bylo zakázáno. Pedro de la Rosa si tak vysloužil penalizaci průjezd boxy. Bezprostředně po restartu se na čele nic nezměnilo. Okamžitě se ale strhla lavina jezdců jedoucích si do boxů pro přechodné pneumatiky.

O kolo později se ke stejnému kroku odhodlali i Hamilton a Alonso. Zastávka v boxech ale dosavadního lídra závodu stála drahocenný čas. Hamilton se tak propadl za Alonsa i Buttona. Španěl naopak na svém rozhodnutí vydělal a převzal vedení v závodě. Během chvilky navíc došlo ke kolizi mezi Buttonem a Kartykejanem, při níž si Brit poškodil přední přítlačné křídlo. Následná výměna ho srazila až na úplný konec pole.

V šestatřicátém kole došlo ke krásnému souboji mezi Jensonem Buttonem a Felipem Massou. I když Brit z této bitvy vyšel vítězně, radovat se nemohl, neboť tím získal pouze šestnácté místo.

39. kolo přineslo prvního odvážlivce, Daniela Ricciarda, který se rozhodl přezout na suché pneumatiky. Následovali Webber, Button, Alonso, Vettel a Räikkönen. O kolo později si pro suché pneumatiky zajeli i Sergio Pérez a Lewis Hamilton. Vedení v závodu se tedy opět ujal Fernando Alonso.

48. kolo se stalo téměř osudným pro Sebastiana Vettela. Ten najel na vůz Narajna Kartykejana a po defektu zadní levé pneumatiky musel zajet do boxů. Tím se propadl mimo bodované pozice.

Po návratu z boxů začal Pérez opět velmi rychle stahovat ztrátu na Alonsa. Těsně před koncem závodu ale udělal chybu, vyjel mimo trať a o možnost boje o první místo se definitivně připravil.

V předposledním kole byl k odstoupení donucen Pastor Maldonado, jemuž selhal motor. V posledním kole svůj vůz odstavil i Sebastian Vettel.